生物安全柜在工作區域內使用經過HEPA過濾的垂直單向氣流，以保護人員免受柜內空氣傳播的生物危害和其他潛在有害顆粒的影響。當這種垂直的單向向下流動的空氣與進氣格柵下方的吸力結合并防止外部空氣污染物進入工作區時，就可以實現產品保護。最后，由于空氣在排出之前經過HEPA過濾，因此可以保護環境。

通風櫥通過不斷將氣流從用戶身上帶到工作區域，從而保護用戶免受有毒或揮發性化學物質的侵害。所有空氣均從機柜中排出，并且未經HEPA過濾。沒有提供人員或環境保護。

HEPA過濾器僅捕集微粒，并且對氣體和蒸氣完全多孔，因此對于生物微粒危害或不產生蒸氣的化學藥品（如粉末），生物安全柜（II級）提供相同的保護。但是，某些程序要求使用揮發物。由于機柜工作區內的電火花點火電位，必須限制揮發物的量。